ผู้ป่วยโรคกระเพาะอาหาร ผู้ที่มีแผลในกระเพาะอาหาร แผลในลำไส้เล็กส่วนต้น หรือโรคตับอ่อนอักเสบ ไม่ควรดื่มน้ำส้ม เนื่องจากกรดในส้มจะเพิ่มกรดในกระเพาะอาหาร ทำให้เกิดอาการแสบร้อนกลางอกและทำให้แผลรุนแรงขึ้น

ผู้ที่มีปัญหาในระบบย่อยอาหาร การดื่มน้ำส้มมากเกินไปอาจกระทบต่อระบบย่อยอาหารและทำให้เกิดอาการท้องเสีย

คนที่หิว การดื่มน้ำส้มขณะท้องว่างไม่เหมาะสม เนื่องจากกรดในน้ำส้มอาจทำลายเยื่อบุในกระเพาะอาหาร

ผู้ที่เพิ่งเข้ารับการผ่าตัด น้ำส้มมีกรดซิตริกในปริมาณสูง ซึ่งอาจส่งผลต่อกระบวนการแข็งตัวของเลือด โดยยับยั้งการทำงานของไอออนแคลเซียม (Ca++) ทำให้แผลผ่าตัดเสี่ยงต่อการเกิดเลือดออก

ผู้ที่กำลังรับประทานยา โดยเฉพาะยาปฏิชีวนะ กรดในน้ำส้มอาจยับยั้งการดูดซึมของยา โดยเฉพาะเอนไซม์ CYP3A4 และ OATP1A2 ทำให้ยาถูกดูดซึมได้ไม่เต็มที่ ส่งผลให้ฤทธิ์ของยาลดลงและอาจทำให้การติดเชื้อยืดเยื้อ

ผู้ป่วยโรคไต โรคทางเดินอาหาร และโรคปอด ผู้สูงอายุที่มีปัญหาเกี่ยวกับไต การย่อยอาหาร หรือโรคปอด ควรหลีกเลี่ยงการบริโภคส้มมากเกินไป เพราะอาจทำให้เกิดอาการปวดท้อง ปวดหลัง หรืออาการอื่น ๆ

หลังดื่มนม โปรตีนในนมจะทำปฏิกิริยากับกรดทาร์ทาริกและวิตามินซีในน้ำส้ม ซึ่งอาจทำให้เกิดอาการท้องอืด ปวดท้อง หรือท้องเสีย ดังนั้น ควรดื่มนมก่อนหรือหลังการกินส้มอย่างน้อย 1 ชั่วโมง

ก่อนแปรงฟัน กรดในน้ำส้มที่เกาะอยู่บนผิวฟัน อาจถูกแปรงสีฟันขัดออกจนทำลายเคลือบฟัน หากมีนิสัยนี้ ควรบ้วนปากทันทีหลังดื่มน้ำส้ม เพื่อลดการกัดกร่อนของกรดบนเคลือบฟัน